Tabelele de codoni ADN și ARN - DNA and RNA codon tables
Un tabel de codoni poate fi folosit pentru a traduce un cod genetic într-o secvență de aminoacizi . Codul genetic standard este reprezentat în mod tradițional ca un tabel de codoni ARN , deoarece atunci când proteinele sunt fabricate într-o celulă de către ribozomi , ARN-ul mesager (ARNm) direcționează sinteza proteinelor . Secvența ARNm este determinată de secvența ADN genomic . În acest context, codul genetic standard este denumit tabelul de traducere 1. Poate fi reprezentat și într-un tabel de codoni ADN. Codonii ADN din astfel de tabele apar pe catena de ADN de sens și sunt dispuși într-o direcție de 5 ′ până la 3 ′ . Diferite tabele cu codoni alternativi sunt folosite în funcție de sursa codului genetic, cum ar fi dintr-un nucleu celular , mitocondrie , plastidă sau hidrogenozom .
Există 64 de codoni diferiți în codul genetic și în tabelele de mai jos; majoritatea specifică un aminoacid. Trei secvențe, UAG, UGA și UAA, cunoscute sub numele de codoni de oprire , nu codifică un aminoacid, ci indică în schimb eliberarea polipeptidei născute din ribozom. În codul standard, secvența AUG - citită ca metionină - poate servi ca codon de pornire și, împreună cu secvențe precum un factor de inițiere , inițiază traducerea. În cazuri rare, codonii de pornire din codul standard pot include, de asemenea, GUG sau UUG; acești codoni reprezintă în mod normal valină și respectiv leucină , dar ca codoni de început sunt traduși ca metionină sau formilmetionină .
Primul tabel - tabelul standard - poate fi utilizat pentru a traduce tripletele de nucleotide în aminoacidul corespunzător sau semnalul corespunzător dacă este un codon de pornire sau oprire. Al doilea tabel, numit în mod adecvat invers, face opusul: poate fi folosit pentru a deduce un posibil cod triplet dacă aminoacidul este cunoscut. Deoarece mai mulți codoni pot codifica același aminoacid, notația acidului nucleic al Uniunii Internaționale de Chimie Pură și Aplicată (IUPAC) este dată în unele cazuri.
Tabelul de traducere 1
Tabel standard de codoni ARN
Proprietăți biochimice ale aminoacizilor | Nonpolar | Polar | De bază | Acid ↓ | Încheiere: opriți codonul * | Inițiere: posibil codon de pornire |
Prima bază |
A 2-a bază | A treia bază |
|||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
U | C | A | G | ||||||
U | UUU | (Phe / F) Fenilalanină | UCU | (Ser / S) Serine | UAU | (Tyr / Y) Tirozină | UGU | (Cys / C) Cisteină | U |
UUC | UCC | UAC | UGC | C | |||||
UUA | (Leu / L) Leucina | UCA | UAA | Stop ( Ocru ) * | UGA | Stop ( Opal ) * | A | ||
UUG | UCG | UAG | Stop ( chihlimbar ) * | UGG | (Trp / W) Triptofan | G | |||
C | CUU | CCU | (Pro / P) Proline | CAU | (His / H) Histidina | CGU | (Arg / R) Arginină | U | |
CUC | CCC | CAC | CGC | C | |||||
CUA | CCA | CAA | (Gln / Q) Glutamină | CGA | A | ||||
CUG | CCG | CAG | CGG | G | |||||
A | AUU | (Ile / I) Isoleucină | ACU | (Thr / T) Treonină | AAU | (Asn / N) Asparagine | AGU | (Ser / S) Serine | U |
ASC | ACC | AAC | AGC | C | |||||
AUA | ACA | AAA | (Lys / K) Lizină | AGA | (Arg / R) Arginină | A | |||
AUG | (Met / M) Metionină | ACG | AAG | AGG | G | ||||
G | GUU | (Val / V) Valine | GCU | (Ala / A) Alanină | GAU | (Asp / D) Acid aspartic ↓ | GGU | (Gly / G) Glicină | U |
GUC | GCC | GAC | GGC | C | |||||
GUA | GCA | GAA | (Glu / E) Acid glutamic ↓ | GGA | A | ||||
GUG | GCG | GAG | GGG | G |
Tabel de codoni ARN invers
Amino acid | Codoni ARN | Comprimat | Amino acid | Codoni ARN | Comprimat | |
---|---|---|---|---|---|---|
Ala, A | GCU, GCC, GCA, GCG | GCN | Ile, eu | AUU, AUC, AUA | AUH | |
Arg, R | CGU, CGC, CGA, CGG; AGA, AGG | CGN, AGR; sau CGY, MGR |
Leu, L | CUU, CUC, CUA, CUG; UUA, UUG | CUN, UUR; sau CUY, YUR |
|
Asn, N | AAU, AAC | AAY | Lys, K | AAA, AAG | AAR | |
Asp, D | GAU, GAC | GAY | S-a întâlnit, M | AUG | ||
Asn sau Asp, B | AAU, AAC; GAU, GAC | RAY | Phe, F | UUU, UUC | UUY | |
Cys, C | UGU, UGC | UGY | Recuzită | CCU, CCC, CCA, CCG | CCN | |
Gln, Q | CAA, CAG | MAȘINĂ | Ser, S | UCU, UCC, UCA, UCG; AGU, AGC | UCN, AGY | |
Glu, E | GAA, GAG | GAR | Thr, T | ACU, ACC, ACA, ACG | ACN | |
Gln sau Glu, Z | CAA, CAG; GAA, GAG | SAR | Trp, W | UGG | ||
Gly, G | GGU, GGC, GGA, GGG | GGN | Tyr, Y | UAU, UAC | UAY | |
Al său, H | CAU, CAC | CAY | Val, V | GUU, GUC, GUA, GUG | PISTOLĂ | |
START | AUG | STOP | UAA, UGA, UAG | URA, UAR |
Tabel standard de codoni ADN
Proprietăți biochimice ale aminoacizilor | Nonpolar | Polar | De bază | Acid ↓ | Încheiere: opriți codonul * | Inițiere: posibil codon de pornire |
Prima bază |
A 2-a bază | A treia bază |
|||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
T | C | A | G | ||||||
T | TTT | (Phe / F) Fenilalanină | TCT | (Ser / S) Serine | TAT | (Tyr / Y) Tirozină | TGT | (Cys / C) Cisteină | T |
TTC | TCC | TAC | TGC | C | |||||
TTA | (Leu / L) Leucina | TCA | TAA | Stop ( Ocru ) * | TGA | Stop ( Opal ) * | A | ||
TTG | TCG | ETICHETĂ | Stop ( chihlimbar ) * | TGG | (Trp / W) Triptofan | G | |||
C | CTT | CCT | (Pro / P) Proline | PISICĂ | (His / H) Histidina | CGT | (Arg / R) Arginină | T | |
CTC | CCC | CAC | CGC | C | |||||
CTA | CCA | CAA | (Gln / Q) Glutamină | CGA | A | ||||
CTG | CCG | CAG | CGG | G | |||||
A | ATT | (Ile / I) Isoleucină | ACT | (Thr / T) Treonină | AAT | (Asn / N) Asparagine | AGT | (Ser / S) Serine | T |
ATC | ACC | AAC | AGC | C | |||||
LA UN | ACA | AAA | (Lys / K) Lizină | AGA | (Arg / R) Arginină | A | |||
ATG | (Met / M) Metionină | ACG | AAG | AGG | G | ||||
G | GTT | (Val / V) Valine | GCT | (Ala / A) Alanină | GAT | (Asp / D) Acid aspartic ↓ | GGT | (Gly / G) Glicină | T |
GTC | GCC | GAC | GGC | C | |||||
GTA | GCA | GAA | (Glu / E) Acid glutamic ↓ | GGA | A | ||||
GTG | GCG | GAG | GGG | G |
Tabel de codoni ADN invers
Amino acid | Codoni ADN | Comprimat | Amino acid | Codoni ADN | Comprimat | |
---|---|---|---|---|---|---|
Ala, A | GCT, GCC, GCA, GCG | GCN | Ile, eu | ATT, ATC, ATA | ATH | |
Arg, R | CGT, CGC, CGA, CGG; AGA, AGG | CGN, AGR; sau CGY, MGR |
Leu, L | CTT, CTC, CTA, CTG; TTA, TTG | CTN, TTR; sau CTY, YTR |
|
Asn, N | AAT, AAC | AAY | Lys, K | AAA, AAG | AAR | |
Asp, D | GAT, GAC | GAY | S-a întâlnit, M | ATG | ||
Asn sau Asp, B | AAT, AAC; GAT, GAC | RAY | Phe, F | TTT, TTC | TTY | |
Cys, C | TGT, TGC | TGY | Recuzită | CCT, CCC, CCA, CCG | CCN | |
Gln, Q | CAA, CAG | MAȘINĂ | Ser, S | TCT, TCC, TCA, TCG; AGT, AGC | TCN, AGY | |
Glu, E | GAA, GAG | GAR | Thr, T | ACT, ACC, ACA, ACG | ACN | |
Gln sau Glu, Z | CAA, CAG; GAA, GAG | SAR | Trp, W | TGG | ||
Gly, G | GGT, GGC, GGA, GGG | GGN | Tyr, Y | TAT, TAC | TAY | |
Al său, H | CAT, CAC | CAY | Val, V | GTT, GTC, GTA, GTG | GTN | |
START | ATG | STOP | TAA, TGA, TAG | TRA, TAR |
Codoni alternativi în alte tabele de traducere
Codul genetic s-a crezut cândva universal: un codon ar codifica același aminoacid, indiferent de organism sau sursă. Cu toate acestea, este acum de acord că codul genetic evoluează, rezultând discrepanțe în modul în care un codon este tradus în funcție de sursa genetică. De exemplu, în 1981, s-a descoperit că utilizarea codonilor AUA, UGA, AGA și AGG de către sistemul de codificare în mitocondriile mamiferelor diferea de codul universal. Codonii stop pot fi, de asemenea, afectați: în protozoarele ciliate , codonii stop universali UAA și codul UAG pentru glutamină. Următorul tabel afișează aceste codoni alternativi.
Proprietăți biochimice ale aminoacizilor | Nonpolar | Polar | De bază | Acid ↓ | Încheiere: opriți codonul * |
Cod | Tabel de traducere |
Codon ADN implicat | Codon ARN implicat | Traducere cu acest cod |
Traducere standard | Note | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Standard | 1 | Include tabelul de traducere 8 ( cloroplaste vegetale ). | ||||||
Vertebrate mitocondriale | 2 | AGA | AGA | Opri * | Arg (R) | |||
AGG | AGG | Opri * | Arg (R) | |||||
LA UN | AUA | S-a întâlnit (M) | Ile (I) | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
Drojdie mitocondrială | 3 | LA UN | AUA | S-a întâlnit (M) | Ile (I) | |||
CTT | CUU | Thr (T) | Leu (L) | |||||
CTC | CUC | Thr (T) | Leu (L) | |||||
CTA | CUA | Thr (T) | Leu (L) | |||||
CTG | CUG | Thr (T) | Leu (L) | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
CGA | CGA | absent | Arg (R) | |||||
CGC | CGC | absent | Arg (R) | |||||
Mucegaiul, protozoanele și celenterarea mitocondrială + Micoplasma / Spiroplasma | 4 | TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | Include tabelul de traducere 7 ( kinetoplaste ). | ||
Invertebrate mitocondriale | 5 | AGA | AGA | Ser (S) | Arg (R) | |||
AGG | AGG | Ser (S) | Arg (R) | |||||
LA UN | AUA | S-a întâlnit (M) | Ile (I) | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
Ciliate, dasycladacean și Hexamita nuclear | 6 | TAA | UAA | Gln (Q) | Opri * | |||
ETICHETĂ | UAG | Gln (Q) | Opri * | |||||
Echinoderm și mitocondrial al viermelui plat | 9 | AAA | AAA | Asn (N) | Lys (K) | |||
AGA | AGA | Ser (S) | Arg (R) | |||||
AGG | AGG | Ser (S) | Arg (R) | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
Euplotid nuclear | 10 | TGA | UGA | Cys (C) | Opri * | |||
Plastid bacterian, arheal și vegetal | 11 | Vezi tabelul de traducere 1 . | ||||||
Drojdie alternativă nucleară | 12 | CTG | CUG | Ser (S) | Leu (L) | |||
Mitocondrial ascidian | 13 | AGA | AGA | Gly (G) | Arg (R) | |||
AGG | AGG | Gly (G) | Arg (R) | |||||
LA UN | AUA | S-a întâlnit (M) | Ile (I) | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
Alternative flatworm mitocondrial | 14 | AAA | AAA | Asn (N) | Lys (K) | |||
AGA | AGA | Ser (S) | Arg (R) | |||||
AGG | AGG | Ser (S) | Arg (R) | |||||
TAA | UAA | Tyr (Y) | Opri * | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
Blepharisma nucleară | 15 | ETICHETĂ | UAG | Gln (Q) | Opri * | Începând cu 18 noiembrie 2016: absent din actualizarea NCBI. Similar cu tabelul de traducere 6 . | ||
Clorofic mitocondrial | 16 | ETICHETĂ | UAG | Leu (L) | Opri * | |||
Trematode mitocondriale | 21 | TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||
LA UN | AUA | S-a întâlnit (M) | Ile (I) | |||||
AGA | AGA | Ser (S) | Arg (R) | |||||
AGG | AGG | Ser (S) | Arg (R) | |||||
AAA | AAA | Asn (N) | Lys (K) | |||||
Scenedesmus obliquus mitocondrial | 22 | TCA | UCA | Opri * | Ser (S) | |||
ETICHETĂ | UAG | Leu (L) | Opri * | |||||
Thraustochytrium mitocondrial | 23 | TTA | UUA | Opri * | Leu (L) | Similar cu tabelul de traducere 11 . | ||
Pterobranchia mitocondrială | 24 | AGA | AGA | Ser (S) | Arg (R) | |||
AGG | AGG | Lys (K) | Arg (R) | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
Divizia candidat SR1 și Gracilibacteria | 25 | TGA | UGA | Gly (G) | Opri * | |||
Pachysolen tannophilus nuclear | 26 | CTG | CUG | Ala (A) | Leu (L) | |||
Karyorelict nuclear | 27 | TAA | UAA | Gln (Q) | Opri * | |||
ETICHETĂ | UAG | Gln (Q) | Opri * | |||||
TG | UGA | Opri * | sau | Trp (W) | Opri * | |||
Condilostom nuclear | 28 | TAA | UAA | Opri * | sau | Gln (Q) | Opri * | |
ETICHETĂ | UAG | Opri * | sau | Gln (Q) | Opri * | |||
TGA | UGA | Opri * | sau | Trp (W) | Opri * | |||
Mesodiniu nuclear | 29 | TAA | UAA | Tyr (Y) | Opri * | |||
ETICHETĂ | UAG | Tyr (Y) | Opri * | |||||
Peritrich nuclear | 30 | TA | UAA | Glu (E) ↓ | Opri * | |||
ETICHETĂ | UAG | Glu (E) ↓ | Opri * | |||||
Blastocrithidia nucleară | 31 | TAA | UAA | Opri * | sau | Glu (E) ↓ | Opri * | |
ETICHETĂ | UAG | Opri * | sau | Glu (E) ↓ | Opri * | |||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * | |||||
Cod mitocondrial Cephalodiscidae | 33 | AGA | AGA | Ser (S) | Arg (R) | Similar cu tabelul de traducere 24 . | ||
AGG | AGG | Lys (K) | Arg (R) | |||||
TAA | UAA | Tyr (Y) | Opri * | |||||
TGA | UGA | Trp (W) | Opri * |
Vezi si
Note
Referințe
Lecturi suplimentare
- Chevance FV, Hughes KT (2 mai 2017). „Caz pentru codul genetic ca triplet de triplete” . Lucrările Academiei Naționale de Științe din Statele Unite ale Americii . 114 (18): 4745–4750. doi : 10.1073 / pnas.1614896114 . JSTOR 26481868 . PMC 5422812 . PMID 28416671 .
- Dever TE (29 iunie 2012). „Un nou început pentru sinteza proteinelor” . Știință . American Association for the Advancement of Science. 336 (6089): 1645–1646. Bibcode : 2012Sci ... 336.1645D . doi : 10.1126 / science.1224439 . JSTOR 41585146 . PMID 22745408 . S2CID 44326947 . Adus la 17 octombrie 2020 .
- Gardner RS, Wahba AJ, Basilio C, Miller RS, Lengyel P, Speyer JF (decembrie 1962). "Polinucleotidele sintetice și codul aminoacizilor. VII" . Lucrările Academiei Naționale de Științe din Statele Unite ale Americii . 48 (12): 2087–2094. Cod Bib : 1962PNAS ... 48.2087G . doi : 10.1073 / pnas.48.12.2087 . PMC 221128 . PMID 13946552 .
- Nakamoto T (martie 2009). „Evoluția și universalitatea mecanismului de inițiere a sintezei proteinelor”. Gene . 432 (1-2): 1-6. doi : 10.1016 / j.gene.2008.11.001 . PMID 19056476 .
- Wahba AJ, Gardner RS, Basilio C, Miller RS, Speyer JF, Lengyel P (ianuarie 1963). "Polinucleotidele sintetice și codul aminoacizilor. VIII" . Lucrările Academiei Naționale de Științe din Statele Unite ale Americii . 49 (1): 116–122. Cod Bib : 1963PNAS ... 49..116W . doi : 10.1073 / pnas.49.1.116 . PMC 300638 . PMID 13998282 .
- Yanofsky C (9 martie 2007). „Stabilirea naturii triplete a codului genetic” . Celulă . 128 (5): 815-818. doi : 10.1016 / j.cell.2007.02.029 . PMID 17350564 . S2CID 14249277 .
- Zaneveld J, Hamady M, Sueoka N, Knight R (28 februarie 2009). "CodonExplorer: o bază de date interactivă online pentru analiza utilizării codonilor și compoziția secvenței". Bioinformatică pentru analiza secvenței ADN . Metode în biologie moleculară. 537 . pp. 207–232. doi : 10.1007 / 978-1-59745-251-9_10 . ISBN 978-1-58829-910-9. PMC 2953947 . PMID 19378146 .
linkuri externe