Porțiunea nordică, denumită și Pârâul Spuyten Duyvil („diavolul care scutură”) , a fost modificată semnificativ în scopuri de navigație. Inițial, se curba în jurul nordului Marble Hill , dar în 1895 canalul navei râului Harlem a fost săpat între Manhattan și Marble Hill, iar în 1914 a fost completat cursul original.
Râul Harlem a fost cursul tradițional de canotaj pentru New York, analog râului Charles din Boston și râului Schuylkill din Philadelphia . Pe malurile Harlem se află barca pentru echipajul universității Columbia , iar râul este cursul de acasă pentru echipajul universității. Din 1952, o față mare de piatră plată, numită „(Big) C Rock” a fost pictată cu universitatea Columbia „C”. De asemenea, pe râu se află Peter Jay Sharp Boathouse și Harlem River Community Rowing, două facilități de canotaj comunitare. Râul este utilizat de echipaje de la Universitatea New York , Universitatea Fordham și Manhattan College , deși singura universitate cu facilități permanente pe râu este Columbia.
Din punct de vedere istoric, malul vestic al râului Harlem a fost, de asemenea, o destinație de distracție. Zona cuprinsă între străzile 190 și 192 a fost ocupată de Fort George Amusement Park , un parc de cărucioare / parc de distracții , din 1895 până în 1914. Site-ul său este acum o zonă de relaxare în Highbridge Park . În anii 1890, orașul New York a construit o pistă de curse pentru cai, Harlem River Speedway , de-a lungul malului parcului; proiectul a început construcția în 1894 și a început în iulie 1898. Speedway-ul a devenit ulterior Harlem River Drive, iar șoferii obișnuiți au fost autorizați să circule pentru prima dată în 1919.
Râul Harlem este străbătut de șapte poduri oscilante, trei poduri de ridicare și patru poduri de arc și este navigabil către orice barcă cu mai puțin de 16 metri de aer . Cu toate acestea, orice barcă care necesită o distanță mai mare de 1,5 metri va necesita ca podul Spuyten Duyvil să se deschidă. Toate celelalte poduri mobile de pe râul Harlem oferă un spațiu liber de cel puțin 24 de picioare (7,3 m) în timp ce sunt închise, astfel încât bărcile și navele care necesită între 1,5 și 7,3 m de spațiu liber trebuie să aibă doar un leagăn de pod deschis. Aceste poduri au înlocuit podurile fixe sau podurile inferioare la sfârșitul secolului al XIX-lea pentru a îmbunătăți navigația. High Bridge a fost ridicat între 1837 și 1848 pentru a transporta apeductul Croton peste râu. Este cel mai vechi pod din New York.
City Departamentul de Transport din New York recomanda ca in timp ce ei fac toate eforturile pentru a se asigura că toate podurile de operare, multe dintre ele sunt în reparații , în orice moment, și contractori externi sunt responsabili pentru deschiderea de poduri în reparații.