Negativicute - Negativicutes

Negativicute
Clasificare științifică e
Domeniu: Bacterii
Phylum: Firmicute
Clasă: Negativicutes
Marchandin și colab. 2010
Comenzi și familii

Cele Negativicutes sunt o clasă de bacterii din încrengătura Firmicutes , ai cărei membri au un perete celular caracteristic cu lipopolizaharide membranei exterioare care colorează gram-negative , spre deosebire de majoritatea altor membri ai Firmicutes . Deși mai multe specii vecine de Clostridia (bacterii firmicute) colorează și ele gram-negative, proteinele responsabile de structura neobișnuită didermă a Negativicutelor ar fi putut fi dobândite lateral de la Proteobacteria . Sunt necesare cercetări suplimentare pentru a confirma originea învelișului celulelor didermice în negativicute.

Majoritatea membrilor acestei clase sunt anaerobi obligați și apar în habitate precum râurile, lacurile și intestinele vertebratelor. Acestea variază de la forme sferice, cum ar fi Megasphaera și Veillonella , până la tije curbate, așa cum este specificat de selenomonade . Selenomonas are o formă semilunară caracteristică, cu flageluri inserate pe partea concavă, în timp ce Sporomusa este similară, dar nemotilă. Numele lor se referă la această morfologie distinctă: selene înseamnă lună, iar musa înseamnă banană .

Taxonomie

În prezent, clasa este formată din 32 de genuri denumite în mod valid din trei ordine și patru familii. Ordinele Veillonellales și Acidaminococcales conțin fiecare o singură familie, Veillonellaceae și , respectiv, Acidaminococcaceae , în timp ce ordinul Selenomonadales conține două familii, Selenomonadaceae și Sporomusaceae.

Semnături moleculare

Din punct de vedere istoric, Negativicutes constau dintr-o singură ordine, Selenomonadales, și două familii, Veillonellaceae și Acidaminococcaceae pe baza similarității secvenței genei ARNr 16S. Cu toate acestea, aceste grupări nu includeau mai mulți membri în cadrul Negativicutelor care s-au ramificat în afara celor două familii. Viziunea taxonomică actuală include acești membri care au fost desemnați în mod valid familiilor Selenomonadaceae și Sporomusaceae în ordinea Selenomonadales modificată. Markerii moleculari sub formă de indels conservați (CSI) și proteine ​​(CSPs) justifică diviziunile taxonomice actuale. Acești markeri moleculari se găsesc la fiecare rang taxonomic, iar distribuția lor este în concordanță cu ramificarea filogenetică observată.

Multe lucrări au implicat faptul că negativicutele ar trebui reclasificate ca o ordine în clasa Clostridia , bazată pe o ramificare filogenetică strânsă, și observația că membrii formatori de spori ai negativicutelor au gene de sporulare similare cu Clostridia și că ambele colorează gram- negativ. Cu toate acestea, eterogenitatea membrilor din cadrul Negativicutelor, precum și distribuția semnăturilor moleculare, susține opinia că Negativicutele sunt de fapt o clasă independentă în cadrul Firmicutelor, cu Clostridia ca vecini filogenetici cei mai apropiați. În plus, mai multe CSI-uri și CSP-uri s-au dovedit a fi partajate în mod unic între toate Negativicutes, în timp ce nu s-a găsit că CSI-urile au fost împărțite atât de Negativicutes, cât și de Clostridia .

Filogenie

Taxonomia acceptată în prezent se bazează pe Lista denumirilor procariote cu Standing in Nomenclature (LPSN) și Centrul Național pentru Informații despre Biotehnologie (NCBI)

 
Acidaminococcaceae
 

Succinispira mobilis Janssen și O'Farrell 1999

 
 
 

Acidaminococcus Rogosa 1969 emend. Jumas-Bilak și colab. 2007

 
 
 

Phascolarctobacterium faecium Del Dot și colab. 1994 (tip sp.)

 
 

Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe și colab. 2012

 
 

Succiniclasticum ruminis van Gylswyk 1995

 
 
 
 
Veillonellaceae
 

? Anaerospora hongkongensis ♠ Woo și colab. 2005

 
 

? Desulfosporomusa polytropa ♠ Sass și colab. 2004

 
 

? Psychrosinus fermentans ♠ Sattley și colab. 2008

 
 

? Quinella ovalis ♪ Krumholz și colab. 1993 (Ovalul lui Quin)

 
 

? Sporotalea colonica ♠ Ezaki și colab. 2008

 
 

Sporomusa Möller și colab. 1985

 
 
 
 
 

Sporolituus thermophilus Ogg și Patel 2009

 
 

Thermosinus carboxydivorans Sokolova și colab. 2004

 
 
 
 

Veillonella Prévot 1933 emend. Mays și colab. 1982

 
 
 

Megasphaera [incl. Anaeroglobus geminatus ]

 
 
 

Negativicoccus succinicivorans Marchandin și colab. 2010

 
 

Dialister [incl. Allisonella histaminiformans ]

 
 
 
 
 
 
 

Anaeromusa acidaminophila Baena și colab. 1999

 
 

Anaeroarcus burkinensis (Ouattara și colab. 1992) Strömpl și colab. 1999

 
 
 
 
 

Acetonema longum Kane și Breznak 1992

 
 

Pelosinus Shelobolina și colab. 2007

 
 
 
 

Propionispora Biebl și colab. 2001

 
 
 

Dendrosporobacter quercicolus (Stankewich și colab. 1971) Strömpl și colab. 2000

 
 
 

Anaerosinus glycerini (Schauder și Schink 1996) Strömpl și colab. 1999

 
 
 
 

Propionispira arboris Schink și colab. 1983

 
 

Zymophilus Schleifer și colab. 1990

 
 
 
 
 

Megamonas Shah și Collins 1983

 
 

Pectinatus Lee și colab. 1978 emend. Juvonen și Suihko 2006

 
 
 
 

Anaerovibrio lipolyticus Hungate 1966

 
 

Selenomonas [incl. Schwartzia succinivorans , Centipeda periodontii & Mitsuokella ]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Note:
♠ Tulpinile găsit la Centrul National pentru Biotechnology Information (NCBI), dar care nu sunt enumerate în lista de nume procariote cu permanent în Nomenclatura (LPSN)
♪ Procariotele în cazul în care nu pur ( axenic ) culturi sunt izolate sau disponibile, nu și anume cultivate sau nu poate fi susținut în cultură pentru mai mult de câteva pasaje în serie

Referințe