Ribotipare - Ribotyping

Ribotiparea este o tehnică moleculară pentru identificarea și caracterizarea bacteriilor care folosește informații din analize filogenetice bazate pe ARNr. Este o metodă rapidă și specifică utilizată pe scară largă în diagnosticul clinic și analiza comunităților microbiene din alimente, apă și băuturi.

Toate bacteriile au gene ribozomale , dar secvența exactă este unică pentru fiecare specie, servind ca o amprentă genetică. Prin urmare, secvențierea genei 16S specifice și compararea acesteia cu o bază de date ar produce identificarea speciei particulare.

Tehnică

Ribotiparea implică digestia ADN-ului genomic bacterian cu enzime de restricție specifice . Fiecare enzimă de restricție taie ADN-ul la o secvență de nucleotide specifică, rezultând fragmente de lungimi diferite.

Aceste fragmente sunt apoi rulate pe o electroforeză pe gel , unde sunt separate în funcție de mărime: aplicarea câmpului electric pe gelul în care sunt suspendate determină mișcarea fragmentelor de ADN (toate încărcate negativ datorită prezenței grupărilor fosfat) prin o matrice spre capătul câmpului încărcat pozitiv. Fragmentele mici se mișcă mai ușor și mai rapid prin matrice, ajungând la o distanță mai mare de poziția inițială decât fragmentele mai mari.

După separarea în matricea de gel, fragmentele de ADN sunt mutate pe membrane de nailon și hibridizate cu o sondă de ARNr 16S sau 23S marcată. În acest fel, numai fragmentele care codifică un astfel de ARNr sunt vizualizate și pot fi analizate. Modelul este apoi digitalizat și utilizat pentru a identifica originea ADN-ului printr-o comparație cu organismele de referință într-o bază de date computerizată.

Conceptual, ribotiparea este similară cu sondarea fragmentelor de restricție de ADN cromozomial cu sonde clonate (sonde clonate aleatoriu sau sonde derivate dintr-o secvență de codificare specifică, cum ar fi cea a unui factor de virulență ).

Vezi si

Referințe