Repetare tandem - Tandem repeat

Nu trebuie confundat cu genele Tandemly .

Repetările tandem apar în ADN atunci când se repetă un model de una sau mai multe nucleotide și repetările sunt direct adiacente una cu cealaltă. Mai multe domenii proteice formează, de asemenea, repetări tandem în cadrul structurii lor primare de aminoacizi, cum ar fi repetările armadillo . Cu toate acestea, în proteine, repetările perfecte în tandem sunt puțin probabil în majoritatea proteinelor in vivo , iar cele mai cunoscute repetări sunt în proteinele care au fost proiectate.

Un exemplu ar fi:

ATTCG ATTCG ATTCG

în care secvența ATTCG se repetă de trei ori.

Terminologie

Când se repetă între 10 și 60 de nucleotide, se numește minisatelit . Cei cu mai puțini sunt cunoscuți ca microsateliți sau repetiții scurte în tandem .

Când se repetă exact două nucleotide, se numește repetare dinucleotidică (de exemplu: ACACACAC ...). Microsatelit instabilitate în cancerul de colon ereditar nonpolyposis afecteaza cel mai frecvent astfel de regiuni.

Când se repetă trei nucleotide, se numește repetare trinucleotidică (de exemplu: CAGCAGCAGCAG ...), iar anomaliile din astfel de regiuni pot da naștere la tulburări de repetare a trinucleotidelor .

Când numărul de copiere a unității de repetare este variabil în populația luată în considerare, se numește repetare în tandem cu număr variabil (VNTR). MeSH clasifică repetițiile în tandem cu număr variabil sub minisatelite.

Mecanism

Repetările tandem pot apărea prin diferite mecanisme. De exemplu, alunecarea neregulată a șuviței (SSM), (cunoscută și sub numele de alunecare de replicare ), este un proces de mutație care are loc în timpul replicării ADN-ului. Implică denaturarea și deplasarea șuvițelor de ADN, rezultând în asocierea greșită a bazelor complementare. Împărțirea greșită a catenelor este o explicație pentru originea și evoluția secvențelor repetitive de ADN.

Alte mecanisme includ încrucișarea inegală și conversia genelor .

Utilizări

Repetarea în tandem descrie un model care ajută la determinarea trăsăturilor moștenite ale unui individ.

Repetările tandem pot fi foarte utile în determinarea filiației . Repetițiile scurte în tandem sunt utilizate pentru anumite teste ADN genealogice . ADN-ul este examinat din microsateliți din ADN-ul cromozomial. Filiația poate fi determinată prin asemănarea în aceste regiuni.

Repetările în tandem polimorf (alias VNTR) sunt, de asemenea, prezente în microorganisme și pot fi utilizate pentru a urmări originea unui focar. Testul corespunzător în care este colectată o colecție de VNTR pentru a caracteriza o tulpină este cel mai adesea numit MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis).

În domeniul informaticii , repetările în tandem în șiruri (de exemplu, secvențe de ADN) pot fi detectate în mod eficient folosind arbori de sufixe sau matrici de sufixe .

Studiile din 2004 au legat plasticitatea genetică neobișnuită a câinilor de mutațiile repetate în tandem.

Vezi si

Referințe

linkuri externe