Variante ale SARS-CoV-2 - Variants of SARS-CoV-2

Mutații pozitive, negative și neutre în timpul evoluției coronavirusurilor precum SARS-CoV-2

Sindromul respirator acut sever coronavirus 2 (SARS-CoV-2), virusul care cauzează boala coronavirusului 2019 (COVID-19), are multe variante ; unele sunt considerate sau au fost considerate a fi de o importanță deosebită datorită potențialului lor de transmisibilitate crescută, virulență crescută sau eficienței reduse a vaccinurilor împotriva acestora.

Prezentare generală

Apariția SARS-CoV-2 poate fi rezultatul unor evenimente de recombinare între un coronavirus asemănător unui SARS de liliac și un coronavirus pangolin prin transmiterea speciilor încrucișate.

Cele mai vechi genomi disponibili ai virusului uman au fost colectați de la pacienți din decembrie 2019, iar cercetătorii chinezi au comparat aceste genomi timpurii cu tulpini de coronavirus de lilieci și pangolini pentru a estima tipul ancestral de coronavirus uman; tipul de genom ancestral identificat a fost etichetat „S”, iar tipul său derivat dominant a fost etichetat „L” pentru a reflecta modificările mutante ale aminoacizilor. Independent, cercetătorii occidentali au efectuat analize similare, dar au etichetat tipul ancestral „A” și tipul derivat „B”. Tipul B s-a mutat în alte tipuri, inclusiv în B.1, care este strămoșul principalelor variante globale de îngrijorare, etichetate în 2021 de OMS ca alfa, beta, gamma și delta.

La începutul pandemiei, au existat puține variante de viruși „mutanți” din cauza numărului mic de persoane infectate (adică au existat mai puține oportunități pentru apariția mutanților de evadare). Odată cu trecerea timpului, SARS-CoV-2 a început să evolueze pentru a deveni mai transmisibil. În special, varianta Alpha și varianta Delta sunt ambele mai transmisibile decât virusul original identificat în jurul Wuhan din China.

Variantele de îngrijorare SARS-CoV-2 sunt capabile să mute astfel încât să poată continua răspândirea în fața creșterii imunității populației, menținându-și în același timp capacitatea de replicare.

Tabelul următor prezintă informații și nivelul de risc relativ pentru variantele de îngrijorare (COV). Intervalele presupun un nivel de încredere sau credibilitate de 95% , dacă nu se specifică altfel. În prezent, toate estimările sunt aproximări datorită disponibilității limitate a datelor pentru studii. Pentru Alpha, Beta, Gamma și Delta, nu există nicio modificare a preciziei testului , iar activitatea neutralizantă a anticorpilor este reținută de unii anticorpi monoclonali.

Identificare Apariția Modificări față de variantele circulante anterior la momentul și locul apariției Activitate de neutralizare a anticorpilor (sau eficacitate atunci când sunt disponibile)
Eticheta OMS Pango filiație Varianta PHE Nextstrain încrengătură Primul focar Cel mai vechi eșantion COV desemnat Mutații notabile Transmisibilitate Spitalizare Mortalitate Din infecție naturală De la vaccinare
Alfa B.1.1.7 VOC ‑ 20DEC ‑ 01 20I (V1) Regatul Unit 20 septembrie 2020 18 decembrie 2020 69–70del, N501Y, P681H + 29% ( 24 -33% ) + 52% (47 -57% ) + 59% (44 -74% )
CFR 0,06% pentru grupa de vârstă <50, 4,8% pentru grupa de vârstă> 50
Reducere minimă Reducere minimă
B.1.1.7 cu E484K VOC ‑ 21FEB ‑ 02 26 ianuarie 2021 5 februarie 2021 E484K, 69-70del, N501Y, P681H Redus considerabil Redus considerabil
Beta B.1.351 VOC ‑ 20DEC ‑ 02 20H (V2) Africa de Sud Mai 2020 14 ianuarie 2021 K417N, E484K, N501Y + 25% (20 -30% ) Sub investigatie Eventual crescut Răspunsul redus al celulelor T provocat de virusul D614G rămâne eficient Eficacitate: redusă împotriva bolii simptomatice, menținută împotriva bolii severe
Gamma P.1 VOC ‑ 21JAN ‑ 02 20J (V3) Brazilia Noiembrie 2020 15 ianuarie 2021 K417T, E484K, N501Y + 38% (29 -48% ) Eventual crescut + 50% (50% CrI ,20 -90% ) Redus Reținut de mulți
Delta B.1.617 .2 VOC ‑ 21APR ‑ 02 21A India Octombrie 2020 6 mai 2021 L452R, T478K, P681R + 97% (76 -117% ) + 85% (39 -147% ) față de Alpha + 137% (50 -230% )
CFR 0,04% pentru grupul de vârstă <50 nevaccinat, 6,5% pentru grupul de vârstă> 50 nevaccinat
Au avut loc reinfectii, cu o rată de apariție mai mică decât infecțiile vaccinate Reducerea eficacității pentru boala non-severă

  Risc foarte mare   Risc ridicat   Risc mediu   Risc scazut   Risc necunoscut

Nomenclatură

SARS-CoV-2 nomenclatoare corespunzătoare
Linii PANGO Note pentru descendenții PANGO Clade Nextstrain, 2021 GISAID clade Variante notabile
A.1 – A.6 19B S Conține „secvența de referință” WIV04 / 2019
B.3 – B.7 , B.9 , B.10 , B.13 – B.16 19A L
O
B.2 V
B.1 B.1.5 – B.1.72 20A G Liniage B.1 în sistemul de nomenclatură PANGO Lineages; include Delta / B.1.617
B.1.9 , B.1.13 , B.1.22 , B.1.26 , B.1.37 GH
B.1.3 – B.1.66 20C Include Epsilon / B.1.427 / B.1.429 / CAL.20C și Eta / B.1.525
20G Predominant în SUA, în general, 21 februarie
20H Include linia Beta / B.1.351 aka 20H / 501Y.V2 sau 501.V2
B.1.1 20B GR Include B.1.1.207
20D
20J Include Gamma / P.1 și Zeta / P.2
20F
20I Include Alpha / B.1.1.7 aka VOC-202012/01, VOC-20DEC-01 sau 20I / 501Y.V1
B.1.177 20E (EU1) GV Derivat din 20A
Diagrama arborescentă a genealogiilor SARS-CoV-2 conform sistemului de nomenclatură Pango.

Variantele SARS-CoV-2 sunt clasificate în funcție de mutația lor descendentă și componentă, cu toate acestea, din iulie 2021, nu a fost stabilită o nomenclatură consistentă pentru aceasta. Multe organizații, inclusiv guverne și știri, se referă colocvial la variante referitoare la țara în care au fost identificate pentru prima dată. După luni de discuții, Organizația Mondială a Sănătății a anunțat nume cu litere grecești pentru tulpini importante la 31 mai 2021, astfel încât acestea să poată fi ușor menționate într-un mod simplu, ușor de spus și non-stigmatizant. Este posibil ca această decizie să fi fost luată parțial din cauza criticilor guvernelor cu privire la utilizarea denumirilor de țări pentru a se referi la variante ale virusului.

Diferite variante SARS-CoV-2 care sunt raportate oficial de CDC, NIH, în legătură cu mutațiile L452R și E484K

Deși există multe mii de variante ale SARS-CoV-2, subtipurile virusului pot fi încadrate în grupuri mai mari, cum ar fi descendențe sau clade . Au fost propuse trei nomenclatoare principale, utilizate în general:

  • Începând cu ianuarie 2021, GISAID - referindu-se la SARS-CoV-2 ca hCoV-19 - identificase opt clade globale (S, O, L, V, G, GH, GR și GV).
  • În 2017, Hadfield și colab. a anunțat Nextstrain , destinat „urmăririi în timp real a evoluției agentului patogen”. Nextstrain a fost folosit ulterior pentru urmărirea SARS-CoV-2, identificând 13 clade majore (19A-B, 20A-20J și 21A) începând cu iunie 2021.
  • În 2020, Rambaut și colab. al echipei de software Asignarea filogenetică a liniei de focar global numit (PANGOLIN) a propus într-un articol „o nomenclatură dinamică pentru descendențele SARS-CoV-2 care se concentrează pe descendenții virali care circulă activ și pe cei care se răspândesc în noi locații”; începând din august 2021, 1340 de linii fuseseră desemnate.

Fiecare institut național de sănătate publică poate institui, de asemenea, propriul sistem de nomenclatură în scopul urmăririi variantelor specifice. De exemplu, Public Health England a desemnat fiecare variantă urmărită în funcție de an, lună și număr în formatul [AAAA] [MM] / [NN], prefixând „VUI” sau „VOC” pentru o variantă investigată sau, respectiv, o variantă de îngrijorare . Acest sistem a fost acum modificat și folosește acum formatul [AA] [MMM] - [NN], unde luna este scrisă folosind un cod de trei litere.

Secvența de referință

Deoarece în prezent nu se știe când a apărut cazul indexului sau „pacientul zero”, alegerea secvenței de referință pentru un anumit studiu este relativ arbitrară, alegerile diferitelor studii de cercetare notabile variind după cum urmează:

  • Cea mai veche secvență, Wuhan-1 , a fost colectată la 24 decembrie 2019.
  • Un grup (Sudhir Kumar și colab.) Se referă pe larg la un genom de referință NCBI (GenBankID: NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125), acest eșantion a fost colectat la 26 decembrie 2019, deși au folosit și genomul de referință WIV04 GISAID (ID: EPI_ISL_402124) , în analizele lor.
  • Potrivit unei alte surse (Zhukova și colab.), Se crede că secvența WIV04 / 2019 , aparținând GISAID S clade / PANGO A lignage / Nextstrain 19B clade, reflectă cel mai strâns secvența virusului original care infectează oamenii - cunoscută sub numele de „ secvența zero ". WIV04 / 2019 a fost prelevat de la un pacient simptomatic la 30 decembrie 2019 și este utilizat pe scară largă (în special de cei care colaborează cu GISAID) ca secvență de referință .

Varianta eșantionată și identificată pentru prima dată în Wuhan, China este considerată de cercetători că diferă de genomul progenitor prin trei mutații. Ulterior, au evoluat multe linii distincte ale SARS-CoV-2.

Criterii de notabilitate

Virușii dobândesc, în general, mutații în timp, dând naștere la noi variante. Când o nouă variantă pare să crească într-o populație, aceasta poate fi etichetată ca „variantă emergentă”. În cazul SARS-CoV-2, noile linii diferă adesea între ele prin doar câteva nucleotide.

Unele dintre consecințele potențiale ale variantelor emergente sunt următoarele:

  • Transmisibilitate crescută
  • Morbiditate crescută
  • Creșterea mortalității
  • Capacitatea de a se sustrage detectării prin teste de diagnostic
  • Sensibilitate scăzută la medicamente antivirale (dacă și când sunt disponibile astfel de medicamente)
  • Sensibilitate scăzută la anticorpi neutralizanți, fie terapeutici (de exemplu, plasmă convalescentă sau anticorpi monoclonali), fie în experimente de laborator
  • Abilitatea de a se sustrage imunității naturale (de exemplu, provocând reinfectări)
  • Capacitatea de a infecta persoanele vaccinate
  • Risc crescut de afecțiuni particulare, cum ar fi sindromul inflamator multisistem sau COVID lung .
  • Afinitate crescută pentru anumite grupuri demografice sau clinice, cum ar fi copiii sau persoanele imunodeprimate.

Variantele care par să îndeplinească unul sau mai multe dintre aceste criterii pot fi etichetate „variante în curs de investigare” sau „variante de interes” în așteptarea verificării și validării acestor proprietăți. Principala caracteristică a unei variante de interes este că arată dovezi care demonstrează că este cauza unei proporții crescute de cazuri sau a unor grupuri unice de focare; cu toate acestea, trebuie să aibă o prevalență sau o expansiune limitată la nivel național sau clasificarea ar fi ridicată la o „ variantă de îngrijorare ”. Dacă există dovezi clare că eficiența măsurilor de prevenire sau intervenție pentru o anumită variantă este substanțial redusă, acea variantă este denumită o „variantă cu consecințe ridicate”.

Variante de îngrijorare (OMS)

Mai jos sunt enumerate variantele de îngrijorare (COV) recunoscute în prezent de Organizația Mondială a Sănătății . Alte organizații precum CDC din Statele Unite au folosit uneori o listă ușor diferită, dar din iulie 2021 lista lor se potrivește cu cea a OMS.

Micrografie electronică cu transmisie în culori false a unei variante de coronavirus B.1.1.7. Transmisibilitatea crescută a variantei se crede că se datorează schimbărilor în structura proteinelor spike, prezentate aici în verde.

Alfa (linia B.1.1.7)

Detectat pentru prima dată în octombrie 2020 în timpul pandemiei COVID-19 din Regatul Unit dintr-un eșantion preluat luna precedentă în Kent, descendența B.1.1.7, etichetată varianta Alpha de către OMS, a fost cunoscută anterior ca prima variantă sub investigație din decembrie 2020 (VUI - 202012/01) și ulterior notat ca VOC-202012/01. Este, de asemenea, cunoscut sub numele de 20I (V1), 20I / 501Y.V1 (anterior 20B / 501Y.V1) sau 501Y.V1. De atunci, cotele sale de prevalență s- au dublat la fiecare 6,5 zile, presupusul interval generațional. Este corelată cu o creștere semnificativă a ratei infecției cu COVID-19 în Regatul Unit , asociată parțial cu mutația N501Y . Au existat unele dovezi că această variantă a transmisibilității crescute cu 40-80% (majoritatea estimărilor situându-se în jurul valorii de mijloc până la capătul superior al acestui interval), iar analizele timpurii au sugerat o creștere a letalității, deși lucrări mai recente nu au găsit dovezi ale creșterii virulenţă. Începând cu mai 2021, varianta Alpha a fost detectată în aproximativ 120 de țări.

B.1.1.7 cu E484K

Varianta de îngrijorare 21FEB-02 (scrisă anterior ca VOC -202102/02), descrisă de Public Health England (PHE) ca „B.1.1.7 cu E484K” este de aceeași descendență în sistemul de nomenclatură Pango, dar are un supliment Mutație E484K . Începând cu 17 martie 2021, există 39 de cazuri confirmate de COV -21FEB-02 în Marea Britanie. La 4 martie 2021, oamenii de știință au raportat B.1.1.7 cu mutații E484K în statul Oregon . În 13 eșantioane de test analizate, una a avut această combinație, care părea să fi apărut spontan și local, mai degrabă decât să fie importată. Alte nume pentru această variantă includ B.1.1.7 + E484K și B.1.1.7 Lineage cu S: E484K.

Beta (linia B.1.351)

La 18 decembrie 2020, varianta 501.V2 , cunoscută și sub numele de 501.V2, 20H (V2), 20H / 501Y.V2 (fost 20C / 501Y.V2), 501Y.V2, VOC-20DEC-02 (fost VOC - 202012/02), sau linia B.1.351, a fost detectată pentru prima dată în Africa de Sud și raportată de departamentul de sănătate al țării . Acesta a fost etichetat ca variantă beta de OMS. Cercetătorii și oficialii au raportat că prevalența variantei a fost mai mare în rândul tinerilor fără condiții de sănătate subiacente și, prin comparație cu alte variante, rezultă mai frecvent boli grave în aceste cazuri. Departamentul de sănătate din Africa de Sud a indicat, de asemenea, că varianta poate conduce la al doilea val al epidemiei COVID-19 din țară datorită răspândirii variantei într-un ritm mai rapid decât alte variante anterioare ale virusului.

Oamenii de știință au remarcat că varianta conține mai multe mutații care îi permit să se atașeze mai ușor la celulele umane din cauza următoarelor trei mutații din domeniul legării receptorilor (RBD) în glicoproteina vârf a virusului: N501Y , K417N și E484K . Mutația N501Y a fost, de asemenea, detectată în Regatul Unit.

Gamma (linia P.1)

S-a detectat varianta Gamma sau linia P.1, denumită Varianta de îngrijorare 21JAN-02 (fostă VOC-202101/02) de Public Health England, 20J (V3) sau 20J / 501Y.V3 de Nextstrain , sau doar 501Y.V3. la Tokyo la 6 ianuarie 2021 de Institutul Național al Bolilor Infecțioase (NIID). Acesta a fost etichetat ca variantă Gamma de către OMS. Noua variantă a fost identificată pentru prima dată la patru persoane care au ajuns în Tokyo, călătorind din statul brazilian Amazonas pe 2 ianuarie 2021. La 12 ianuarie 2021, Centrul CADDE Brazilia-Marea Britanie a confirmat 13 cazuri locale ale noii variante Gamma în pădurea tropicală amazoniană. Această variantă a SARS-CoV-2 a fost numită descendență P.1 (deși este un descendent al B.1.1.28, numele B.1.1.28.1 nu este permis și, prin urmare, numele rezultat este P.1) și are 17 modificări unice de aminoacizi, dintre care 10 în proteina sa de vârf, inclusiv cele trei mutații referitoare la: N501Y , E484K și K417T.

Mutațiile N501Y și E484K favorizează formarea unui complex RBD-hACE2 stabil, îmbunătățind astfel afinitatea de legare a RBD la hACE2. Cu toate acestea, mutația K417T defavorizează formarea complexă între RBD și hACE2, care s-a demonstrat că reduce afinitatea de legare.

Noua variantă a lipsit în eșantioanele colectate din martie până în noiembrie 2020 în Manaus, statul Amazonas , dar a fost detectată pentru același oraș în 42% din eșantioane în perioada 15-23 decembrie 2020, urmată de 52,2% în perioada 15-31 decembrie și 85,4% în perioada 1-9 ianuarie 2021. Un studiu a constatat că infecțiile cu Gamma pot produce de aproape zece ori mai multă încărcătură virală în comparație cu persoanele infectate cu una dintre celelalte linii identificate în Brazilia (B.1.1.28 sau B.1.195). Gamma a arătat, de asemenea, transmisibilitate de 2,2 ori mai mare, cu aceeași capacitate de a infecta atât adulții, cât și persoanele în vârstă, sugerând că genealogiile asemănătoare P.1 și P.1 au mai mult succes în infectarea oamenilor mai tineri, indiferent de sex.

Un studiu al probelor colectate în Manaus între noiembrie 2020 și ianuarie 2021, a indicat faptul că varianta Gamma este de 1,4-2,2 ori mai transmisibilă și s-a dovedit a fi capabilă să se sustragă cu 25-61% din imunitatea moștenită de bolile coronavirus anterioare, ducând la posibilitatea de reinfecție după recuperarea de la o infecție anterioară cu COVID-19. În ceea ce privește raportul de fatalitate, infecțiile cu Gamma s-au dovedit a fi, de asemenea, cu 10-80% mai letale.

Un studiu a constatat că persoanele complet vaccinate cu Pfizer sau Moderna au scăzut semnificativ efectul de neutralizare împotriva Gamma, deși impactul real asupra evoluției bolii este incert. Un studiu de pre-imprimare de Fundația Oswaldo Cruz a publicat la începutul lunii aprilie a constatat că performanța lumea reală a persoanelor cu doza inițială a Sinovac lui Coronavac vaccin au avut rata de eficacitate de aproximativ 50%. Se așteptau ca eficacitatea să fie mai mare după a doua doză. Începând cu iulie 2021, studiul este în desfășurare.

Datele preliminare din două studii indică faptul că vaccinul Oxford – AstraZeneca este eficient împotriva variantei Gamma, deși nivelul exact de eficacitate nu a fost încă eliberat. Datele preliminare dintr-un studiu realizat de Instituto Butantan sugerează că CoronaVac este eficient și împotriva variantei Gamma, iar din iulie 2021 nu a fost încă extins pentru a obține date definitive.

Delta (linia B.1.617.2)

Varianta Delta, cunoscută și sub denumirea de B.1.617.2, G / 452R.V3, 21A sau 21A / S: 478K, este o variantă dominantă la nivel global care se răspândește în cel puțin 185 de țări. A fost descoperit pentru prima dată în India . Descendent al liniei B.1.617, care include și varianta Kappa care face obiectul anchetei, a fost descoperită pentru prima dată în octombrie 2020 și de atunci s-a răspândit la nivel internațional. La 6 mai 2021, oamenii de știință britanici au declarat B.1.617.2 (căruia îi lipsește în mod special mutația la E484Q) drept „variantă de îngrijorare”, etichetându-l VOC-21APR-02, după ce au semnalat dovezi că se răspândește mai repede decât versiunea originală de virus și s-ar putea răspândi mai repede sau la fel de repede ca Alpha. Poartă mutații L452R și P681R în Spike; spre deosebire de Kappa, poartă T478K, dar nu E484Q.

La 3 iunie 2021, Public Health England a raportat că douăsprezece din cele 42 de decese din varianta Delta din Anglia se numărau complet vaccinate și că se răspândea aproape de două ori mai rapid decât varianta Alpha. De asemenea, pe 11 iunie, Centrul Medical Foothills din Calgary, Canada, a raportat că jumătate din cele 22 de cazuri ale variantei Delta au apărut în rândul celor complet vaccinați.

În iunie 2021, au început să apară rapoarte despre o variantă a Delta cu mutația K417N. Mutația, prezentă și în variantele Beta și Gamma, a ridicat îngrijorări cu privire la posibilitatea reducerii eficacității vaccinurilor și a tratamentelor cu anticorpi și la riscul crescut de reinfecție. Varianta, denumită „Delta cu K417N” de Public Health England, include două clade corespunzătoare descendențelor Pango AY.1 și AY.2. A fost poreclit „Delta plus” din „Delta plus K417N”. Denumirea mutației, K417N, se referă la un schimb prin care lizina (K) este înlocuită cu asparagina (N) la poziția 417. La 22 iunie, Ministerul Sănătății și Asistenței Familiale din India a declarat varianta „Delta plus” a COVID-19. o variantă de îngrijorare după 22 de cazuri ale variantei au fost raportate în India. După anunț, principalii virologi au spus că nu există date suficiente pentru a sprijini etichetarea variantei ca o variantă distinctă de îngrijorare, indicând numărul mic de pacienți studiați.

Variante de interes (OMS)

Mai jos sunt enumerate variantele de interes (VOI), care sunt, începând din august 2021, recunoscute de Organizația Mondială a Sănătății . Alte organizații precum CDC din Statele Unite pot folosi uneori o listă ușor diferită.

Lambda (linia C.37)

Varianta Lambda, cunoscută și sub denumirea C.37, a fost detectată pentru prima dată în Peru în august 2020 și a fost desemnată de OMS ca variantă de interes la 14 iunie 2021. S-a răspândit în cel puțin 30 de țări din întreaga lume și, începând cu În iulie 2021, nu se știe dacă este mai infecțios și mai rezistent la vaccinuri decât alte tulpini.

Mu (linia B.1.621)

Varianta Mu, cunoscută și sub denumirea B.1.621, a fost detectată pentru prima dată în Columbia în ianuarie 2021 și a fost desemnată de OMS ca variantă de interes la 30 august 2021. Au existat focare în America de Sud și Europa.

Fostele variante de interes

Epsilon (linii B.1.429, B.1.427, CAL.20C)

Varianta Epsilon sau linia B.1.429, cunoscută și sub numele de CAL.20C sau CA  VUI1, 21C sau 20C / S: 452R, este definită de cinci mutații distincte (I4205V și D1183Y în gena ORF1ab și S13I, W152C, L452R în gena S a proteinei spike), dintre care L452R (detectată anterior și în alte linii fără legătură) a fost deosebit de îngrijorătoare. În perioada 17 martie - 29 iunie 2021, CDC a enumerat B.1.429 și B.1.427 aferente ca „variante de îngrijorare”. Începând cu iulie 2021, Epsilon nu mai este considerat o variantă de interes de către OMS, deoarece a fost depășit de Alpha.

Din septembrie 2020 până în ianuarie 2021, a fost cu 19% până la 24% mai transmisibil decât variantele anterioare din California. Neutralizarea împotriva acestuia de către anticorpi din infecții naturale și vaccinări a fost moderat redusă, dar a rămas detectabilă în majoritatea testelor de diagnostic.

Epsilon (CAL.20C) a fost observat pentru prima dată în iulie 2020 de cercetătorii de la Centrul Medical Cedars-Sinai , California , într-una dintre cele 1.230 de probe de virus colectate în județul Los Angeles de la începutul epidemiei COVID-19 . Nu a fost detectat din nou decât în ​​septembrie, când a reapărut printre eșantioanele din California, dar numărul a rămas foarte scăzut până în noiembrie. În noiembrie 2020, varianta Epsilon a reprezentat 36% din eșantioanele colectate la Centrul Medical Cedars-Sinai, iar până în ianuarie 2021, varianta Epsilon a reprezentat 50% din eșantioane. Într - un comunicat de presă comună de la Universitatea din California, San Francisco , California , Departamentul de Sanatate Publica , si Santa Clara County Direcția de Sănătate Publică , de asemenea , varianta a fost detectată în mai multe județe din California de Nord. Din noiembrie până în decembrie 2020, frecvența variantei în cazurile secvențiate din nordul Californiei a crescut de la 3% la 25%. Într-o preimprimare, CAL.20C este descris ca aparținând cladei 20C și contribuind cu aproximativ 36% din eșantioane, în timp ce o variantă emergentă din clada 20G reprezintă aproximativ 24% din eșantioane într-un studiu axat pe California de Sud. Rețineți, totuși, că în SUA în ansamblu predomină clada 20G, începând cu ianuarie 2021. În urma numărului tot mai mare de Epsilon din California, varianta a fost detectată la frecvențe variate în majoritatea statelor americane. Un număr mic a fost detectat în alte țări din America de Nord și în Europa, Asia și Australia. După o creștere inițială, frecvența sa a scăzut rapid din februarie 2021, întrucât era întrecută de Alpha mai transmisibil . În aprilie, Epsilon a rămas relativ frecvent în părți din nordul Californiei, dar a dispărut practic din sudul statului și nu a putut niciodată să stabilească un punct de sprijin în altă parte; doar 3,2% din toate cazurile din Statele Unite au fost Epsilon, în timp ce mai mult de două treimi au fost Alpha.

Zeta (linia P.2)

Varianta Zeta sau linia P.2, o sub-linie a B.1.1.28 ca Gamma (P.1), a fost detectată pentru prima dată în circulație în statul Rio de Janeiro ; adăpostește mutația E484K, dar nu și mutațiile N501Y și K417T. A evoluat independent în Rio de Janeiro fără a fi direct legat de varianta Gamma de la Manaus. Deși anterior Zeta a fost etichetată drept o variantă de interes, începând din iulie 2021, aceasta nu mai este considerată ca atare de către OMS.

Theta (linia P.3)

La 18 februarie 2021, Departamentul de Sănătate din Filipine a confirmat detectarea a două mutații ale COVID-19 în Central Visayas după ce probele de la pacienți au fost trimise pentru a fi supuse secvențierii genomului. Mutațiile au fost denumite ulterior ca E484K și N501Y, care au fost detectate în 37 din 50 de probe, ambele mutații fiind co-ocurente în 29 dintre acestea.

La 13 martie, Departamentul Sănătății a confirmat că mutațiile constituie o variantă desemnată ca descendență P.3. În aceeași zi, a confirmat și primul caz COVID-19 cauzat de varianta Gamma din țară. Filipine a avut 98 de cazuri cu varianta Theta pe 13 martie. La 12 martie a fost anunțat că Theta a fost detectat și în Japonia. La 17 martie, Regatul Unit și-a confirmat primele două cazuri, în care PHE l-a denumit VUI-21MAR-02. La 30 aprilie 2021, Malaezia a detectat 8 cazuri ale variantei Theta în Sarawak.

Din iulie 2021, Theta nu mai este considerată o variantă de interes de către OMS.

Eta (linia B.1.525)

Varianta Eta sau linia B.1.525, numită și VUI -21FEB-03 (anterior VUI-202102/03) de Public Health England (PHE) și cunoscută anterior ca UK1188, 21D sau 20A / S: 484K, nu poartă același lucru Mutația N501Y găsită în Alpha , Beta și Gamma , dar poartă aceeași mutație E484K ca cea găsită în variantele Gamma, Zeta și Beta și, de asemenea, poartă aceeași ștergere ΔH69 / ΔV70 (o ștergere a aminoacizilor histidină și valină în poziții 69 și 70) așa cum se găsește în variantele Alpha, N439K (B.1.141 și B.1.258) și varianta Y453F ( Cluster 5 ). Eta diferă de toate celelalte variante, având atât mutația E484K, cât și o nouă mutație F888L (o substituție a fenilalaninei (F) cu leucina (L) în domeniul S2 al proteinei spike). Începând cu 5 martie 2021, acesta fusese detectat în 23 de țări. A fost raportat și în Mayotte , departamentul / regiunea de peste mări din Franța. Primele cazuri au fost detectate în decembrie 2020 în Marea Britanie și Nigeria și, începând cu 15 februarie 2021, au avut loc cu cea mai mare frecvență în rândul eșantioanelor din această din urmă țară. Începând cu 24 februarie, 56 de cazuri au fost găsite în Marea Britanie. Danemarca, care își secvențează toate cazurile COVID-19, a găsit 113 cazuri ale acestei variante în perioada 14 ianuarie - 21 februarie 2021, dintre care șapte au fost direct legate de călătorii străine în Nigeria.

Din iulie 2021, experții din Marea Britanie îl studiază pentru a stabili cât de mult ar putea fi un risc. În prezent, este considerată o „variantă care face obiectul unei investigații”, însă, în așteptarea unor studii suplimentare, poate deveni o „ variantă de îngrijorare ”. Ravi Gupta , de la Universitatea din Cambridge, a declarat într-un interviu la BBC că descendența B.1.525 pare să aibă „mutații semnificative” deja observate în unele dintre celelalte variante mai noi, ceea ce înseamnă că efectul lor probabil este într-o oarecare măsură mai previzibil.

Iota (linia B.1.526)

În noiembrie 2020, a fost descoperită o variantă mutantă în New York, care a fost numită descendență B.1.526. Începând cu 11 aprilie 2021, varianta a fost detectată în cel puțin 48 de state americane și 18 țări. Într-un model care reflectă Epsilon, Iota a reușit inițial să atingă niveluri relativ ridicate în unele state, dar până în mai 2021 a fost întrecut de Delta și Alpha mai transmisibile.

Kappa (linia B.1.617.1)

Varianta Kappa este una dintre cele trei linii de linie B.1.617 . Este, de asemenea, cunoscut sub numele de linie B.1.617.1, 21B sau 21A / S: 154K și a fost detectat pentru prima dată în India în decembrie 2020. Până la sfârșitul lunii martie 2021, Kappa reprezenta mai mult de jumătate din secvențele trimise din India . La 1 aprilie 2021, a fost desemnată o variantă investigată (VUI-21APR-01) de Public Health England. Are mutațiile notabile L452R, E484Q, P681R.

Alerte pentru monitorizare ulterioară (OMS)

Definită ca variante cu modificări genetice suspectate de a afecta caracteristicile virusului și unele indicații ale riscului viitor, dar cu dovezi neclare ale impactului fenotipic sau epidemiologic, care necesită monitorizare îmbunătățită și evaluare repetată după noi dovezi.

Începând cu 16 septembrie 2021
Descendența Pango Clada GISAID Clada Nextstrain Primele mostre Data desemnării Note
R.1 GR 2021-01 2021-04-07 Varianta de interes a Institutului Național de Boli Infecțioase din Japonia . Are mutația E484K pe domeniul de legare a receptorului și mutația W152L pe domeniul N terminal, ambele putând avea implicații pentru evadarea imunitară. Acesta a fost găsit în 30 de țări, cu 7057 de cazuri în Japonia și 1249 de cazuri în Statele Unite. Un mic studiu efectuat în SUA a constatat că vaccinul Pfizer-Biontech a fost eficient cu 94% împotriva spitalizării și decesului de R.1 în timpul unui focar. În Japonia, cazurile de R.1 continuă să apară.
B.1.466.2 GH 2020-11 2021-04-28 Eșantionat pentru prima dată în Indonezia .
B.1.1.318 GR 2021-01 2021-06-02 Public Health England VUI (VUI-21FEB-04, anterior VUI-202102/04) la 24 februarie 2021. 16 cazuri au fost detectate în Marea Britanie. Au fost detectate 155 de cazuri în provincia Ontario, Canada, în perioada 30 mai - 26 iunie 2021. Acesta a fost numit Fin-796H când a fost descoperit în Finlanda , indicând mutația D796H și este determinat să provină din Nigeria . Varianta prezintă, de asemenea, mutația E484K.
B.1.1.519 GR 20B / S.732A 2020-11 2021-06-02
C.36.3 GR 2021-01 2021-06-16
B.1.214.2 G 2020-11 2021-06-30
B.1.427
B.1.429
GH / 452R.V1 21C 2020-03 2021-07-06 Epsilon , prelevat pentru prima dată în Statele Unite .
B.1.1.523 GR 2020-05 2021-07-14
B.1.619 G 2020-05 2021-07-14
B.1.620 G 20A / S.126A 2020-11 2021-07-14 Descoperită în Lituania în martie 2021 cunoscută și sub numele de „tulpina lituaniană”. A fost găsit în Africa Centrală, precum și în America de Nord. În afară de Lituania, alte țări europene, inclusiv Franța și Belgia, au găsit prezența acestei variante. Această filiație are 23 de mutații și deleții în comparație cu tulpina de referință, dintre care unele sunt mutații unice. Linia conține o mutație E484K. D614G, o mutație prezentă în majoritatea tulpinilor circulante, se găsește și în această variantă. Alte mutații notabile includ P681H și S477N.
C.1.2 GR 2021-05 2021-09-01 Identificat în mai 2021 când a reprezentat 0,2% (2/1054) din genomii secvențați în Africa de Sud , crescând în iunie la 1,6% (25/2177), iar în iulie la 2,0% (26/1326), similar cu creșterile a detectării timpurii a variantelor Beta și Delta. În iunie 2021 a fost detectată în Anglia și China și , începând cu 13 august 2021, a fost detectată și în Portugalia , Elveția , Republica Democrată Congo (RDC), Mauritius și Noua Zeelandă . C.1.2 conține substituții multiple (C136F, R190S, D215G, Y449H, N484K, N501Y , H655Y, N679K și T859N) și deleții (Y144del, L242-A243del) în proteina spike. Se pare că varianta mută la o rată mai mare decât alte COV.

Alte variante notabile

Lineage B.1.1.207 a fost secvențiat pentru prima dată în august 2020 în Nigeria; implicațiile pentru transmitere și virulență sunt neclare, dar a fost listată ca o variantă emergentă de către Centrele SUA pentru Controlul Bolilor . Secvențiată de Centrul African de Excelență pentru Genomica Bolilor Infecțioase din Nigeria, această variantă are o mutație P681H, comună cu varianta Alpha . Nu împărtășește alte mutații cu varianta Alpha și, la sfârșitul lunii decembrie 2020, această variantă reprezintă aproximativ 1% din genomurile virale secvențiate în Nigeria, deși acest lucru poate crește. Din mai 2021, linia B.1.1.207 a fost detectată în 10 țări.

Liniage B.1.1.317, deși nu este considerată o variantă de îngrijorare , este de remarcat prin faptul că Queensland Health a forțat 2 persoane care întreprind o carantină hotelieră în Brisbane , Australia, să facă încă 5 zile de carantină în plus față de cele obligatorii 14 zile de la confirmare au fost infectați cu această variantă.

Liniage B.1.616, fiind identificată în vestul Franței la începutul lunii ianuarie 2021 și desemnată de OMS drept „Variantă investigată” în martie 2021, a fost raportată a fi dificil de detectat din metoda de prelevare a tamponului nazofaringian de detectare a coronavirusului și detectarea necesității virusului să se bazeze pe probe din căile respiratorii inferioare.

Liniage B.1.618 a fost izolată pentru prima dată în octombrie 2020. Are mutația E484K în comun cu alte câteva variante și a prezentat o răspândire semnificativă în aprilie 2021 în Bengalul de Vest , India. Începând cu 23 aprilie 2021, baza de date PANGOLIN a arătat 135 de secvențe detectate în India, cu numere cu o singură cifră în fiecare din celelalte opt țări din întreaga lume.

Mutații sensibile remarcabile

Au existat o serie de mutații cu sens greșit observate ale SARS-CoV-2.

del 69-70

Numele mutației, del 69-70, sau 69-70 del, sau alte notații similare, se referă la ștergerea aminoacidului în poziția 69-70. Mutația se găsește în varianta Alpha și ar putea duce la „spike” eșecul țintei genice "și are ca rezultat un rezultat fals negativ în testul virusului PCR.

RSYLTPGD246-253N

Altfel denumit del 246-252, sau altă expresie similară, se referă la ștergerea aminoacidului din poziția 246-252, în domeniul N-terminal al proteinei spike, însoțită de înlocuirea acidului aspartic (D ) în poziția 253 pentru asparagină (N).

Mutația de ștergere a 7 aminoacizi este în prezent descrisă ca fiind unică în varianta Lambda și a fost atribuită drept una dintre cauzele capacității crescute a tulpinii de a scăpa de anticorpii neutralizanți conform hârtiei preimprimate.

N440K

Numele mutației, N440K, se referă la un schimb prin care asparagina (N) este înlocuită cu lizină (K) în poziția 440.

Această mutație a fost observată în culturile celulare ca fiind de 10 ori mai infecțioasă comparativ cu tulpina A2a larg răspândită anterior (substituție A97V în secvența RdRP) și de 1000 de ori mai mare în tulpina A3i mai puțin răspândită (substituție D614G în Spike și a și substituție P323L în RdRP ). A fost implicată în creșteri rapide ale cazurilor Covid în India în mai 2021. India are cea mai mare proporție de variante mutate N440K, urmată de SUA și Germania.

G446V

Numele mutației, G446V, se referă la un schimb prin care glicina (G) este înlocuită cu valina (V) în poziția 446.

Se spune că mutația, identificată în Japonia în rândul călătorilor de intrare începând cu luna mai, și în rândul a 33 de eșantioane de la indivizi care au legătură cu Jocurile Olimpice de la Tokyo din 2020 și Jocurile Paralimpice din 2020 din Tokyo , se spune că este posibil să aibă impact asupra afinității anticorpilor monoclonali multipli , deși impactul său clinic împotriva încă nu se cunoaște utilizarea medicamentului pentru anticorpi.

L452R

Denumirea mutației, L452R, se referă la un schimb prin care leucina (L) este înlocuită cu arginina (R) în poziția 452.

L452R se găsește atât în ​​variantele Delta, cât și în variantele Kappa care au circulat mai întâi în India, dar de atunci s-au răspândit în întreaga lume. L452R este o mutație relevantă în această tulpină care îmbunătățește capacitatea de legare a receptorilor ACE2 și poate reduce anticorpii stimulați de vaccin de la atașarea la această proteină modificată.

L452R, arată unele studii, ar putea chiar face coronavirusul rezistent la celulele T, care sunt clasa de celule necesare pentru a viza și distruge celulele infectate cu virus. Sunt diferiți de anticorpii care sunt utili în blocarea particulelor de coronavirus și prevenirea proliferării acestuia.

Y453F

Numele mutației, Y453F, se referă la un schimb prin care tirozina (Y) este înlocuită cu fenilalanină (F) la poziția 453. Mutația a fost găsită potențial legată de răspândirea SARS-CoV-2 printre nurci în Olanda. în 2020.

S477G / N

O regiune foarte flexibilă în domeniul de legare a receptorilor (RBD) al SARS-CoV-2, începând de la reziduul 475 și continuând până la reziduul 485, a fost identificată folosind metode bioinformatice și statistice în mai multe studii. Universitatea din Graz și Compania Biotech Innophore au arătat într-o publicație recentă că, din punct de vedere structural, poziția S477 prezintă cea mai mare flexibilitate dintre ele.

În același timp, S477 este până acum cel mai frecvent schimbat rest de aminoacizi din RBD-urile mutanților SARS-CoV-2. Prin utilizarea simulărilor de dinamică moleculară a RBD în timpul procesului de legare la hACE2, s-a demonstrat că atât S477G cât și S477N consolidează legarea vârfului SARS-COV-2 cu receptorul hACE2. Dezvoltatorul de vaccin BioNTech a făcut referire la acest schimb de aminoacizi ca fiind relevant în ceea ce privește proiectarea viitoare a vaccinurilor într-o preimprimare publicată în februarie 2021.

E484Q

Denumirea mutației, E484Q, se referă la un schimb prin care acidul glutamic (E) este înlocuit cu glutamina (Q) în poziția 484.

Varianta Kappa care circulă în India are E484Q. Aceste variante au fost inițial (dar înșelătoare) denumite „dublu mutant”. E484Q poate spori capacitatea de legare a receptorului ACE2 și poate reduce capacitatea anticorpilor stimulați de vaccin de a se atașa la această proteină modificată de vârf.

E484K

Numele mutației, E484K, se referă la un schimb prin care acidul glutamic (E) este înlocuit cu lizină (K) în poziția 484. Este poreclit „Eeek”.

S-a raportat că E484K este o mutație de evadare (adică o mutație care îmbunătățește capacitatea unui virus de a se sustrage sistemului imunitar al gazdei ) de la cel puțin o formă de anticorp monoclonal împotriva SARS-CoV-2, indicând că poate exista o „posibilă modificare a antigenicitate ". Varianta Gamma (linia P.1), varianta Zeta (linia P.2, cunoscută și sub denumirea de linia B.1.1.28.2) și varianta Beta (501.V2) prezintă această mutație. De asemenea, a fost detectat un număr limitat de genomi de genealogie B.1.1.7 cu mutație E484K. S-a raportat că anticorpii monoclonali și derivați din ser sunt de 10 până la 60 de ori mai puțin eficienți în neutralizarea virusului care poartă mutația E484K. La 2 februarie 2021, oamenii de știință din Marea Britanie au raportat detectarea E484K în 11 probe (din 214.000 de probe), o mutație care poate compromite eficacitatea actuală a vaccinului.

F490S

F490S denotă o schimbare de la fenilalanină (F) la serină (S) în poziția de aminoacizi 490.

Este una dintre mutațiile găsite în Lambda și au fost asociate cu o susceptibilitate redusă la anticorp generată de cei care au fost infectați cu alte tulpini, ceea ce înseamnă că tratamentul cu anticorpi împotriva persoanelor infectate cu tulpini care poartă o astfel de mutație ar fi mai puțin eficient.

N501Y

N501Y denotă o schimbare de la asparagină (N) la tirozină (Y) în poziția aminoacidă 501. N501Y a fost poreclit „Nelly”.

Această schimbare se crede de PHE pentru a crește afinitatea de legare datorită poziției sale în interiorul glicoproteina e domeniu de legare a receptorului , care se leagă de ACE2 în celulele umane; datele susțin, de asemenea, ipoteza unei afinități crescute de legare din această modificare. Modelarea interacțiunii moleculare și energia liberă a calculelor de legare au demonstrat că mutația N501Y are cea mai mare afinitate de legare în variantele de preocupare RBD la hACE2. Variantele cu N501Y includ Gamma, Alpha (VOC 20DEC-01), Beta și COH.20G / 501Y (identificate în Columbus, Ohio ). Aceasta a devenit ultima formă dominantă a virusului în Columb la sfârșitul lunii decembrie 2020 și ianuarie și pare să fi evoluat independent de alte variante.

N501S

N501S denotă o schimbare de la asparagină (N) la serină (S) în poziția aminoacidă 501.

Din septembrie 2021, există 8 cazuri de pacienți din întreaga lume infectați cu varianta Delta care prezintă această mutație N501S. Deoarece este considerată o mutație similară cu N501Y, se suspectează că are caracteristici similare cu mutația N501Y, despre care se crede că crește infectivitatea virusului, cu toate acestea, efectul exact este încă necunoscut.

D614G

Prevalența mutației D614G în toate tulpinile GISAID raportate în cursul anului 2020. Convergența cu unitatea se potrivește îndeaproape cu membrele superioare ale curbei logistice .

D614G este o mutație fără sens care afectează proteina spike a SARS-CoV-2. De la aparițiile timpurii în China de Est la începutul anului 2020, frecvența acestei mutații în populația virală globală a crescut în timpul pandemiei. G ( glicină ) a înlocuit D ( acid aspartic ) în poziția 614 în multe țări, în special în Europa, deși mai lent în China și restul Asiei de Est, susținând ipoteza că G crește rata de transmisie, care este în concordanță cu titrurile virale mai mari și infectivitatea in vitro. Cercetătorii cu instrumentul PANGOLIN au poreclit această mutație „Doug”.

În iulie 2020, s-a raportat că varianta mai infecțioasă D614G SARS-CoV-2 devenise forma dominantă în pandemie. PHE a confirmat că mutația D614G a avut un „efect moderat asupra transmisibilității” și a fost urmărită la nivel internațional.

Prevalența globală a D614G se corelează cu prevalența pierderii mirosului ( anosmia ) ca simptom al COVID-19, posibil mediată de legarea mai ridicată a RBD de receptorul ACE2 sau stabilitate mai mare a proteinelor și, prin urmare, o infectivitate mai mare a epiteliului olfactiv .

Variantele care conțin mutația D614G se găsesc în clada G de către GISAID și în clada B.1 de către instrumentul PANGOLIN .

Q677P / H

Numele mutației, Q677P / H, se referă la un schimb prin care glutamina (Q) este înlocuită cu prolină (P) sau histidină (H) în poziția 677.

Mutația a fost raportată în mai multe linii care circulă în Statele Unite de la sfârșitul anului 2020 și, de asemenea, în unele linii din afara țării. Frecvența înregistrării unei astfel de mutații a crescut de la sfârșitul anului 2020 până la începutul anului 2021.

P681H

Prevalența logaritmică a P681H în 2020 în conformitate cu secvențele din baza de date GISAID

Numele mutației, P681H, se referă la un schimb prin care prolina (P) este înlocuită cu histidina (H) în poziția 681.

În ianuarie 2021, oamenii de știință au raportat într-o preimprimare că mutația P681H, o trăsătură caracteristică a variantei Alpha și a liniei B.1.1.207 (identificată în Nigeria), arată o creștere exponențială semnificativă a frecvenței la nivel mondial, urmând astfel o tendință de a fi așteptat în membrul inferior al curbei logistice. Acest lucru poate fi comparat cu tendința D614G, care este acum răspândită la nivel global.

P681R

Numele mutației, P681R, se referă la un schimb prin care prolina (P) este înlocuită cu arginina (R) în poziția 681.

Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium ( INSACOG ) a constatat că, în afară de cele două mutații E484Q și L452R, există și o a treia mutație semnificativă, P681R în linia B.1.617. Toate cele trei mutații se află pe proteina spike, partea operativă a coronavirusului care se leagă de celulele receptoare ale corpului.

A701V

Potrivit primelor rapoarte mass-media, Ministerul Sănătății din Malaezia a anunțat pe 23 decembrie 2020 că a descoperit o mutație în genomul SARS-CoV-2 pe care l-au desemnat A701B (sic), printre 60 de probe colectate din grupul Benteng Lahad Datu din Sabah . Mutația a fost caracterizată ca fiind similară cu cea găsită recent în acel moment în Africa de Sud, Australia și Olanda, deși nu era sigur dacă această mutație era mai infecțioasă sau mai agresivă decât înainte. Guvernul provincial Sulu din Filipine vecine a suspendat temporar călătoria către Sabah ca răspuns la descoperirea „A701B” din cauza incertitudinii cu privire la natura mutației.

La 25 decembrie 2020, Ministerul Sănătății din Malaezia a descris o mutație A701V ca circulantă și prezentă în 85% din cazuri (D614G a fost prezentă în 100% din cazuri) în Malaezia. Aceste rapoarte s-au referit și la eșantioane colectate din grupul Benteng Lahad Datu. Textul anunțului a fost reflectat textual pe pagina de Facebook a lui Noor Hisham Abdullah , directorul general al sănătății din Malaezia, care a fost citat în unele articole de știri.

Mutația A701V are aminoacidul alanină (A) substituit cu valină (V) la poziția 701 din proteina spike. La nivel global, Africa de Sud, Australia, Olanda și Anglia au raportat, de asemenea, A701V aproximativ în același timp cu Malaezia. În GISAID, prevalența acestei mutații este de aproximativ 0,18%. de cazuri.

La 14 aprilie 2021, Ministerul Sănătății din Malaezia a raportat că al treilea val, care începuse în Sabah, a implicat introducerea de variante cu mutații D614G și A701V.

Eficacitatea diferențială a vaccinului

A se vedea, de asemenea , cercetarea clinică a vaccinului COVID-19 (Eficacitate)

Date și metode

Secvențierea modernă a ADN-ului , acolo unde este disponibilă, poate permite detectarea rapidă (uneori cunoscută sub numele de „ detectare în timp real ”) a variantelor genetice care apar în agenții patogeni în timpul focarelor de boală. Prin utilizarea software-ului de vizualizare a arborelui filogenetic , înregistrările secvențelor genomului pot fi grupate în grupuri de genomi identici, toate conținând același set de mutații. Fiecare grup reprezintă o „variantă”, „cladă” sau „descendență”, iar comparația secvențelor permite deducerea căii evolutive a unui virus. Pentru SARS-CoV-2, peste 330.000 de secvențe genomice virale au fost generate de studii de epidemiologie moleculară din întreaga lume.

Noi variante de detectare și evaluare

La 26 ianuarie 2021, guvernul britanic a declarat că își va împărtăși capacitățile de secvențiere genomică cu alte țări pentru a crește rata de secvențiere genomică și pentru a urmări noi variante și a anunțat o „nouă platformă de evaluare a variantelor”. Începând cu ianuarie 2021, mai mult de jumătate din secvențierea genomică a COVID-19 a fost efectuată în Marea Britanie.

Testarea

La 11 iunie 2021, Public Health England a introdus un algoritm de decizie bazat pe reguli pentru a distinge variantele în rezultatele RT-PCR. Sistemul este revizuit săptămânal. În special, regulile impun ca mutații specifice genei S să fie prezente pentru fiecare variantă (P681R pentru Delta, K417N pentru Beta și K417T pentru Gamma); starea de confirmare a testului depinde și de alte cerințe pentru detectarea sau nedetectarea prezenței sau absenței acestor mutații și a mutațiilor N501Y și E484K. Acolo unde rezultatul este „nedeterminat”, sunt posibile două categorii: cu sau fără E484K. .

Teoria incubației pentru mai multe variante mutante

Cercetătorii au sugerat că pot apărea mutații multiple în cursul infecției persistente a unui pacient imunodeprimat , în special atunci când virusul dezvoltă mutații de evacuare sub presiunea de selecție a anticorpului sau a tratamentului cu plasmă convalescentă , cu aceleași deleții în antigenii de suprafață care se repetă în mod repetat la diferiți pacienți .

Transmiterea speciilor încrucișate

Clusterul 5

La începutul lunii noiembrie 2020, Clusterul 5 , denumit și ikeFVI-spike de către Danish State Serum Institute (SSI), a fost descoperit în nordul Iutlandiei , Danemarca și se crede că a fost răspândit de la nurci la oameni prin fermele de nurcă . La 4 noiembrie 2020, s-a anunțat că populația de nurci din Danemarca va fi sacrificată pentru a preveni posibila răspândire a acestei mutații și pentru a reduce riscul apariției unor noi mutații. Un blocaj și restricții de călătorie au fost introduse în șapte municipalități din Iutlanda de Nord pentru a preveni răspândirea mutației, ceea ce ar putea compromite răspunsurile naționale sau internaționale la pandemia COVID-19 . Până la 5 noiembrie 2020, au fost detectate aproximativ 214 de cazuri umane legate de nurcă.

OMS a declarat că grupul 5 are o „sensibilitate moderat scăzută la anticorpii neutralizanți”. SSI a avertizat că mutația ar putea reduce efectul vaccinurilor COVID-19 în curs de dezvoltare, deși este puțin probabil să le facă inutile. În urma blocării și testării în masă, SSI a anunțat pe 19 noiembrie 2020 că, probabil, grupul 5 a dispărut. Începând cu 1 februarie 2021, autorii unei lucrări revizuite de colegi , care toți erau din SSI, au evaluat că grupul 5 nu era în circulație în populația umană.

Există riscul ca COVID-19 să se transfere de la oameni la alte populații de animale și să se combine cu alte virusuri animale pentru a crea încă mai multe variante care sunt periculoase pentru oameni.

Vezi si

Note

Referințe

Lecturi suplimentare

linkuri externe