Peptidil transferaza - Peptidyl transferase
| Peptidil transferaza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identificatori | |||||||||
| CE nr. | 2.3.2.12 | ||||||||
| CAS nr. | 9059-29-4 | ||||||||
| Baze de date | |||||||||
| IntEnz | Vizualizare IntEnz | ||||||||
| BRENDA | Intrare BRENDA | ||||||||
| EXPASy | Vedere NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Intrare KEGG | ||||||||
| MetaCyc | cale metabolică | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| Structuri PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| |||||||||
Peptidil transferaza este un aminoacyltransferase ( EC 2.3.2.12 ) , precum primară enzimatică funcția ribozomului , care formele peptidici legături între adiacente aminoacizi folosind ARNt în timpul traducerea procesului de biosinteza proteinelor. Substraturile pentru reacția peptidil transferazei sunt două molecule de ARNt, una purtând lanțul peptidic în creștere și cealaltă purtând aminoacidul care va fi adăugat lanțului. Lanțul peptidil și aminoacizii sunt atașați la ARNt-urile lor respective prin legături esterice la atomul de O la capetele CCA-3 'ale acestor ARNt. Peptidil transferaza este o enzimă care catalizează adăugarea unui reziduu de aminoacizi pentru a crește lanțul polipeptidic în sinteza proteinelor. Se află în subunitatea ribozomală mare, unde catalizează formarea legăturii peptidice. Este compus în întregime din ARN. Alinierea dintre capetele CCA ale peptidil ARNt legat de ribozomi și aminoacil ARNt din centrul peptidil transferazei contribuie la capacitatea sa de a cataliza aceste reacții. Această reacție are loc prin deplasare nucleofilă. Grupul amino al aminoacil ARNt atacă grupul carboxil terminal al ARNt peptidil. Activitatea peptidil transferazei este efectuată de ribozom. Activitatea peptidil transferazei nu este mediată de proteine ribozomale, ci de ARN ribozomal (ARNr), un ribozim. Ribozimele sunt singurele enzime care nu sunt formate din proteine, ci ribonucleotide. Toate celelalte enzime sunt formate din proteine. Această relicvă de ARN este cea mai semnificativă dovadă care susține ipoteza RNA World .
- În procariote , subunitatea ribozomului 50S ( component 23S ) conține componenta peptidil transferază și acționează ca un ribozim. Centrul peptidil transferazei de pe subunitatea 50S se află la vârfurile inferioare (capetele acceptorului) ale ARNt-urilor A- și O-.
- În eucariote , subunitatea ribozomului 60S ( component 28S ) conține componenta peptidil transferază și acționează ca ribozimă.
Peptidil transferazele nu se limitează la traducere, dar există relativ puține enzime cu această funcție.
Funcţie
Peptidil transferaza accelerează reacția prin scăderea energiei sale de activare. Face acest lucru oferind o orientare adecvată pentru ca reacția să apară. Peptidil transferaza oferă proximitate, ceea ce înseamnă că apropie lucrurile, dar nu oferă un mecanism alternativ. În schimb, oferă o orientare adecvată a substratului, crescând probabilitatea ca mecanismul existent să apară.
Mecanism
fundal
Într-o structură ribozomală există trei situsuri de legare care sunt situsul P, situsul A și situsul E. Situl A este situl aminoacil deoarece ceea ce intră în situsul A este aminoacil tARN. Structura conține un reziduu de aminoacizi care se află într-o legătură ester atașată situsului A și există o amină liberă. În situsul P, care este un situs peptidil, există un ARNt care este atașat. Este important să rețineți că la începutul fiecărui ciclu de peptidil transferază începeți întotdeauna cu un ARNt cu un lanț peptidic în creștere în situsul P. Odată ce a avut loc, aminoacil ARNt se poate lega de situsul A.
Mecanismul real
În ceea ce privește mecanismele, amina care se află în situsul A va face un atac nucleofil asupra carbonului ester în situsul P. Când apare atacul nucleofil, se va crea un intermediar tetraedric. În situl activ al peptidil transferazei, există un reziduu de apă. Când se formează intermediarul tetraedric, oxianionul are acum o sarcină negativă, deoarece oxigenul are un electron în plus. Hidrogenul de pe apă are o sarcină parțială pozitivă, care stabilizează intermediarul oxianion tetraedric. Ceea ce va apărea atunci este că intermediarul tetraedric se va prăbuși și va duce la reformarea legăturii carbonilice, ceea ce va duce la pierderea grupului părăsit - care ar fi inelul de riboză al sitului P cu tRNA atașat la acesta. Odată cu eliberarea grupului care pleacă, protonul va fi extras din apă, ceea ce va duce la extragerea protonului din cele două grupări hidroxil primare, iar perechile solitare vor extrage protonul din noua amină a aminoacidului. După finalizarea mecanismului, un ARNt non-acilat va rămâne în situsul P și întregul lanț polipeptidic în creștere, în plus față de aminoacizii suplimentari, sunt atașați într-o legătură esteră la cele trei grupări hidroxil primare ale ARNt în situsul A .
Țintă antibiotică
Următorii inhibitori ai sintezei proteinelor vizează peptidil transferaza:
- Cloramfenicolul se leagă de resturile A2451 și A2452 din ARNr 23S al ribozomului și inhibă formarea legăturii peptidice .
- Pleuromutilinele se leagă de asemenea de peptidil transferaza.
- Se crede că antibioticele macrolide inhibă peptidil transferaza, pe lângă inhibarea translocației ribozomale .
Vezi si
Referințe
linkuri externe
- Peptidil + transferazele la Biblioteca Națională de Medicină din SUA Rubricile subiectului medical (MeSH)
