DECIPHER - DECIPHER

Acest articol este despre baza de date biologică. Pentru alte utilizări, consultați Decifrare (dezambiguizare) .
Un segment al genomului de referință uman, vizualizat utilizând Ensembl cu pista DECIPHER activată. Barele roșii reprezintă mutații individuale pentru pacienții anonimi cu ștergeri în această regiune, în timp ce barele verzi reprezintă pacienții cu duplicări în această regiune. Regiunea prezentată cuprinde segmentul de cromozom lipsă la pacienții cu sindrom de microdelecție recurent 17q21.3 .

DECIPHER este o resursă bazată pe web și o bază de date cu date de variație genomică din analiza ADN-ului pacientului . Documentează anomaliile submicroscopice ale cromozomilor ( microdelecții și duplicări ) și variantele de secvență patogenă (variante cu nucleotide simple - SNV, inserții, ștergeri, InDels), de la peste 25000 de pacienți și le mapează la genomul uman folosind Ensembl sau UCSC Genome Browser . În plus, catalogează caracteristicile clinice de la fiecare pacient și menține o bază de date cu sindroame de microdelecție / duplicare , împreună cu linkuri către rapoarte științifice relevante și grupuri de sprijin .

Un acronim al DatabasE de Chromosomal Disbalance and Phenotype in Humans using Ensembl Resources , DECIPHER a fost inițiat în 2004 la Institutul Sanger din Regatul Unit, finanțat de Wellcome Trust . Cu toate acestea, este susținut de un consorțiu internațional de cercetare, cu date despre pacienți contribuite de peste 240 de centre de genetică clinică din 33 de țări. Fiecare centru este reprezentat de un genetician clinic experimentat și un citogeneticist molecular superior .

Obiective

O reprezentare schematică a unei deleții cromozomiale. DECIPHER mapează micile deleții detectate la pacienți la genomul de referință produs de Proiectul genomului uman .

DECIPHER a fost înființat în 2004 de Nigel Carter de la Wellcome Trust Sanger Institute și Helen Firth , consultant în genetică clinică la Spitalul Addenbrooke din Cambridge . Are trei obiective principale:

  • Ajutor în interpretarea variantelor plauzibil de patogene din analizele la nivelul genomului prin plasarea lor în contextul variantelor patogene cunoscute, a altor variante plauzibil patogene și a variației populației
  • Adnotați variante plauzibil patogene cu impactul lor funcțional probabil folosind instrumentele Ensembl pentru a compara secvența și variantele structurale cu cea mai recentă adnotare funcțională a genomului uman de referință curent, de exemplu, definiți ce gene sunt implicate într-o variantă specifică a numărului de copii (microdelecție / microduplicare) sau pentru variantele de secvență , indiferent dacă sunt poziționate într-o genă sau un element reglator.
  • Facilitați cercetarea studiului genelor care afectează sănătatea și dezvoltarea umană pentru a îmbunătăți diagnosticul, gestionarea și terapia bolilor rare.

Ca instrument pentru geneticienii clinici, citogeneticieni și biologi moleculari , DECIPHER este utilizat pentru a determina dacă variațiile numărului de copii ale genei identificate la pacienți au o semnificație clinică. Membrii pot vizualiza genele din regiunea ADN modificate la pacienții lor și pot stabili dacă se știe că vreuna dintre acestea este implicată în boală. Dezechilibrele cromozomiale sunt o cauză majoră a întârzierii dezvoltării, a dizabilităților de învățare și a anomaliilor congenențiale și - în conformitate cu scrierea lui Emily Niemitz în Nature Genetics - baza de date facilitează colaborarea dintre cercetătorii și clinicienii care au pacienți cu caracteristici clinice similare, care pot „ajuta la descoperirea sindroame noi și în recunoașterea genelor de importanță clinică. "

Proces

Pacienții sunt înscriși în DECIPHER de către membrii consorțiului înregistrați. De obicei, un genetician clinic aranjează o analiză cromozomială (de obicei pe bază de microarrays ) a ADN-ului unui pacient. Poate fi identificată o potențială microdelecție / microduplicare, dar nu se cunoaște semnificația medicală. Clinicianul poate introduce datele anonimizate în baza de date DECIPHER restricționată, protejată prin parolă și să mapeze locația și dimensiunea ștergerii / duplicării cromozomiale la genomul de referință . Folosind DECIPHER, clinicianul poate identifica apoi genele specifice afectate de ștergere / duplicare, poate determina dacă există o semnificație clinică cunoscută (de exemplu, dacă genele supresoare tumorale au fost șterse) și poate vizualiza regiunea în browserul genomului Ensembl pentru a vedea dacă există alți pacienți consimțiți în DECIPHER cu ștergere / duplicări suprapuse. Acest lucru permite o mai bună constatare a faptului dacă o modificare a numărului de copii este o variantă polimorfă normală sau cauza probabilă a simptomelor clinice ale pacientului . Clinicianul poate apoi sfătui pacientul cu privire la semnificația probabilă a ștergerii / duplicării și implicațiile acesteia pentru sănătatea lor.

Datele fiecărui pacient sunt anonimizate și sunt reprezentate doar de un ID cu un genotip asociat și un set de simptome clinice ( fenotipuri ). Datele despre pacienți sunt puse la dispoziția altor membri ai consorțiului și vizibile prin Ensembl dacă pacientul semnează un formular de consimțământ . Cu consimțământul informat, ștergerea / duplicarea anonimizată și fenotipurile devin disponibile pentru vizualizare membrilor consorțiului DECIPHER și utilizatorilor publici, cu niveluri diferite de acces (de exemplu, numai utilizatorii conectați pot vedea detaliile de contact ale centrului care a introdus datele). Utilizatorii publici care doresc să găsească mai multe informații despre un pacient pot trimite o cerere către DECIPHER, care apoi o va transmite către coordonatorul clinicianului responsabil pentru centrul de depunere.

Majoritatea pacienților depuși în DECIPHER prezintă mutații genetice cu o apariție foarte scăzută în populația generală. Prin urmare, probabilitatea ca aceiași clinici să întâmpine pacienți similari este, de asemenea, scăzută. Deoarece DECIPHER este deschis oricărui clinician acreditat sau citogeneticist din întreaga lume, șansele de a găsi cazuri rare similare sunt semnificativ crescute. Această partajare on-line a informațiilor clinice genetice nu numai că promovează o mai bună înțelegere a microdelecțiilor / microduplicărilor și a fenotipurilor lor patogene asociate, ci a facilitat și descoperirea de noi sindroame . Începând din ianuarie 2014, peste 23000 de pacienți au fost incluși în baza de date DECIPHER, dintre care peste 10000 sunt consimțiți.

Etică și confidențialitate

Consimțământul adecvat pentru introducerea datelor pacientului în DECIPHER este obținut de către clinicianul care a trimis. Consimțământul pacientului poate fi retras oricând, iar datele lor sunt eliminate. Adesea înregistrările copiilor sunt afișate cu acordul părinților lor de tutori. DECIPHER recomandă ca, atunci când copilul împlinește vârsta de șaisprezece ani, să fie informat despre intrare și să i se ofere posibilitatea de a se retrage sau de a continua ca participant. Fiecare centru membru care utilizează DECIPHER obține aprobarea etică de la un comitet de etică al cercetării din propria instituție sau țară, acolo unde este cazul. În Marea Britanie, Biroul comisarului pentru informații a fost notificat despre DECIPHER în conformitate cu Legea privind protecția datelor din 1998 . Proiectul este supravegheat de un reprezentant al consiliului consultativ din domeniul geneticii umane, biologie computațională , etică și drept.

Pentru a asigura confidențialitatea informațiilor , datele sunt difuzate printr-o conexiune TLS / SSL criptată . Numai persoanele de încredere din centrele de cercetare medicală recunoscute pot accesa identitatea centrului care a depus un alt pacient (permițându-le să contacteze clinicienii pacientului dacă doresc să colaboreze). Membrii publicului pot răsfoi datele anonimizate ale pacienților în DECIPHER și Ensembl, fără ca identitatea centrului de trimitere să fie afișată.

Vezi si

Referințe

linkuri externe